The Confession -- Zones d'Ombre
*** Pour prouver à Hassan qu'il a bel et bien déserté le SD-6, doit abattre un agent de l'organisation qui vient d'être capturé : Sydney... Tout en pointant son arme sur elle, il lui envoie un message en morse en utilisant des clignements de paupières : ils parviennent à maîtriser les hommes de main et capturent Hassan. Après avoir évacué le marchand d'armes, Jack prend des photos du "corps" afin de prouver à Sloane que son ancien allié est bel et bien mort. Bien sûr, celui-ci se trouve en réalité entre les mains de la CIA.
*** A son retour de Cuba, Sydney rencontre Vaughn. Il lui apprend que les codes en cyrillique trouvés dans les livres de Laura Bristow ont été examinés : il s'agit d'instructions du KGB, contenant notamment les noms d'agents de la CIA exécutés des années plus tôt.
*** La place d'Ineni Hassan n'est pas restée inoccupée longtemps : un de ses associés, Minos Sakkoulas, a déjà comblé le vide, et possède un engin, seulement connu sous le terme de "Colis". Tandis que Sloane envoie Sydney en Grèce pour récupérer des informations dans l'ordinateur du criminel, Vaughn lui fournit un jeu de faux dossiers à remettre au SD-6, afin que la CIA récupère les "bons" fichiers. Tous deux reparlent des codes cyrilliques : ils sont l'un et l'autre convaincus que Jack a collaboré avec le KGB. Sans rien dire, Vaughn a enregistré leur conversation.
*** En Grèce, les choses ne se passent pas comme prévu et Sydney ne peut entrer dans le bureau de Sakkoulas. C'est Dixon qui télécharge et fournit au SD-6 les fichiers qu'ils sont venus chercher...
*** Vaughn avoue à Sydney qu'il a enregistré leur précédente conversation, et lui apprend que l'un des agents assassinés était son père. Confuse et bouleversée, Sydney trouve du réconfort auprès de Will.
*** A contrecoeur, Hassan finit par révéler à Vaughn que le "Colis" est caché dans un silo abandonné, en Crête. Il en profite pour demander que sa femme et son fils soient amenés aux Etats-Unis et placés sous protection, mais Vaughn refuse.
*** Afin de justifier le voyage de Sydney en Crête, Jack parle du silo à Sloane, lequel pense que son collègue a obtenu cette information de ses propres contacts. Sydney part pour récupérer le "Colis", officiellement pour le SD-6, officieusement pour la CIA.
*** En Crête, Sydney entre dans le silo sous la surveillance de Vaughn qui, avec la coopération apparente de Hassan, la guide. Mais le marchand d'armes fournit un faux code, ce qui déclenche le système de sécurité et place Sydney en danger lorsque la pièce commence à être aspergée d'essence. Hassan refuse de fournir le code s'il ne reçoit pas la garantie écrite que sa femme et son fils soient placés sous protection. Vaughn et Weiss se débrouillent pour fournir la garantie, et Sydney revient aux Etats-Unis avec le fameux objet.
*** Sydney et Vaughn vont voir le directeur Devlin avec les preuves de la trahison de Jack. A leur surprise, Devlin arrive en compagnie de huit officiers supérieurs et de Jack. Ce dernier révèle la vérité à Sydney et Vaughn : l'agent du KGB de la famille n'était pas lui mais sa femme, Laura Bristow...