So It Begins -- Opération Tonnerre 6
*** En France, Sydney décrit à Vaughn le fonctionnement du SD-6 ainsi que son plan pour le détruire. D'après elle, ce n'est qu'une affaire de semaines. Michael lui montre alors le schéma qu'ils ont pu concevoir de ce groupe, schéma qui est bien plus conséquent que ce que pensait Sydney.
*** Will, qui a commencé une enquête sur la mort de Danny, lui montre ce qu'il vient de découvrir : Danny avait réservé des billets d'avion pour Singapour. Sydney, qui n'en savait rien, ment en lui disant qu'elle était au courant et qu'elle ne veut plus parler de la disparition de son fiancé.
*** De retour au SD-6, Sydney reçoit les informations relatives à sa nouvelle mission : elle doit se rendre à Moscou afin d'empêcher une vente de fichiers volés concernant les arsenaux nucléaires soviétiques et américains. Avec Dixon, elle devra empêcher la transaction entre deux membres de la mafia russe : Shcherbakov et Karpachev, et un ancien militaire du Soudan, Navour.
A la fin de ce briefing, Sloane emmène Sydney dans une salle à l'écart afin de lui présenter son père. Jack lui révèle ce qu'elle sait déjà, qu'il est lui aussi un agent double infiltré au SD-6 et lui demande de sortir en ayant l'air surpris.
Elle lui demande s'il était au courant que le SD-6 voulait assassiner Danny. Il était au courant, et c'est lui qui a acheté les billets pour Singapour afin de protéger sa fille et Danny. Il lui apprend que le soir de la mort de Danny, il s'est rendu chez lui pour l'avertir mais c'était déjà trop tard.
*** Moscou, Sydney, déguisée en femme de chambre, s'introduit dans la chambre de la Navour alors que Dixon se fait passer pour le militaire auprès des deux russes. Dans la suite de Navour, Syd découvre que l'homme avait l'intention de duper les deux vendeurs avec des faux billets. Cela complique la situation car c'est avec cet argent que Dixon devait avoir les disquettes. Sydney se rend donc au bar où se trouve les trois hommes et procède à l'échange des disquettes avec des sous-verres. Cependant, la situation s'envenime et les deux agents du SD-6 sont forcés d'assommer les deux russes et de s'enfuir avec les disquettes.
*** Aéroport de Los Angeles, Sydney confie discrètement les disquettes à Vaughn qui les copie puis les lui rend, tout cela sous la barbe de Dixon.
*** L'opération "Tonnerre 6" est une opération qui a eu lieu pendant la guerre froide, période pendant laquelle six dispositifs nucléaires ont été enterrés aux Etats-Unis. Or, la disquette ramenée de Moscou parle d'une septième bombe, que Sloane veut récupérer. Grâce au dossier distribué par SIoane, Syd découvre le nom de Milovich Ivanov, qui doit être en possession de la septième bombe.
*** Sydney se rend donc en Virginie, là où vit Ivanov. Ses pistes la mène dans un cimetière où elle découvre une tombe au nom d'Ivanov. Elle décide de creuser cette tombe et ouvre le cercueil. La jeune femme y découvre une bombe qui se met en route. Elle appelle dont Marshall en urgence pour qu'il l'aide à désamorcer cette bombe. Ils y parviennent à moins de 11 secondes de l'explosion.
*** De retour à Los Angeles, Vaughn est fâché lorsqu'il découvre la mission de Sydney, qui ne l'avait pas mis au courant. Il lui apprend que le SD-6 a vendu l'arsenal à Ineni Hassan, un marchand d'armes égyptien.
Ayant déjà eu affaire à cet homme, elle décide de se rendre au Caire afin de récupérer le noyau de Plutonium et demande à son père de la couvrir vis à vis du SD-6.
Vaughn apprend aussi qu'il n'est plus affecté à Sydney pour ses missions car Devlin, le chef de la CIA veut quelqu'un de plus expérimenté pour faire la liaison entre la CIA et cet agent double.
*** Au Caire, Sydney retrouve la bombe et en retire le noyau. Elle entend le cran de sureté d'un revolver près d'elle : c'est Hassan qui l'a retrouvé.
Quel cliff ! C'est vachement fourbe xD ! J'ai bien aiém cet épisode. J'ai adoré les petites intercalations entre Sydney & Vaugnh 
Marshall me fait toujours aussi rire 
"Enfin moi je m'aime, enfin j'aime ma présence..." ou "Qui a des problèmes de sommeils ? Moi j'en ai de temps en temps enfin bref..." mdr! Il est trop fort ! On voit que le pére de Syd tenait quand même à Danny car il a acheté 2billets pour Singapour. C'est vraiment gentil de sa part ! J'espère que leur relation va s'améliorer. Hahaha et le collègue de Vaughn (Celui qui joue dans Heroes lol) "Je vais t'appelle couille d'acier maintenant!" "Et toi tu connais couille d'acier ?" mdr ! J'adore 
Tout timide mais c'est un génie ce gars! Et puis, il est attachant et drôle!
