The Box (part 1) -- Jeux dangereux, partie 1
*** Effondrée à l'idée que sa mère ait été un agent du KGB, Sydney annonce à Vaughn qu'elle va quitter le SD-6.
*** Au même moment, un groupe d'intrus lourdement armés entrent dans les locaux du SD-6 et, avant que Sloane ait pu réaliser ce qu'il se passe, ils contrôlent le bâtiment.
*** Lorsque Sydney arrive au SD-6, Jack la rattrape dans l'ascenseur et l'avertit que l'Alliance, les supérieurs de Sloane, la tuera si elle démissionne. Au milieu de leur discussion, l'ascenseur s'arrête brutalement et Jack réalise que Sloane a déclenché les procédures de sécurité, ce qui ne peut signifier qu'une chose : quelqu'un s'est introduit dans les locaux.
Sydney et Jack se faufilent hors de l'ascenseur et, depuis une salle du sous-sol, et grâce au système de surveillance, découvrent que les intrus ont pris tout le personnel - Sloane compris - en otage.
*** Pendant ce temps, Will réalise que cette histoire de SD-6 est trop dangereuse pour continuer à enquêter : Daniel Hecht et Eloise Kurtz ont déjà été tués, et il craint que la même chose arrive à la fille de David McNeil s'il poursuit ses recherches. Lorsqu'il reçoit un appel de son curieux "informateur", il lui annonce qu'il arrête tout. Mais de toute évidence, quelqu'un ne veut pas qu'il laisse tomber puisqu'il trouve sur sa chaise une enveloppe contenant un nouvel indice - enveloppe qu'il refuse d'ouvrir.
*** Le chef du groupe qui s'est introduit dans les locaux est McKenas Cole, un ancien agent. Il torture Sloane pour obtenir la combinaison du coffre du SD-6. Toutefois, les procédures de sécurité ayant été déclenchées, toute ouverture du coffre se solderait par une explosion qui détruirait tout le bâtiment. Jack charge Sydney de récupérer dans l'atelier de Marshall un engin de brouillage qui pourrait être utilisé sur la porte du coffre de sorte que, même si Cole obtient le code, il ne sera pas en mesure d'ouvrir la porte.
*** Parallèlement, Will doit rencontrer un contact dans un restaurant, pour un article. A son étonnement, il se retrouve en face de Kelly McNeil : quelqu'un a visiblement arrangé la rencontre, mais Will refuse de parler. Kelly le suit jusqu'à son bureau et finit par le convaincre de poursuivre son enquête sur le SD-6. Lorsqu'il ouvre enfin l'enveloppe découverte un peu plus tôt, c'est pour constater qu'elle contient une clef...
*** Après avoir appris que c'est la mère de Sydney qui a exécuté son père, Vaughn reçoit l'ordre de rencontrer un psychiatre de la CIA, le docteur Barnett. Vaughn affirme qu'il n'a aucun problème, mais le médecin le questionne sur le cadeau qu'il a offert à Sydney et de se demande si cette relation est "appropriée". Vaughn affronte Haladki, l'agent qui a parlé du cadeau au docteur Barnett : de toute évidence, les deux hommes ne s'apprécient pas.
*** Au SD-6, Sydney parvient à poser l'engin de brouillage sur la porte du coffre juste avant l'arrivée de Cole et de ses hommes. Mais ils l'entendent dans les conduits d'aération et commencent à tirer...